Der Erfolg hat zwar immer viele Väter, dennoch ist die Initiative dieser Forschungseinrichtung einer Einzelpersönlichkeit zu verdanken, die in Kirche und Wissenschaft bestens vernetzt ist: dem Ehrenritter des Deutschen Ordens und Ehrensenator der Universität Würzburg, Professor Dieter Salch. Dieser wies in seiner Begrüßung darauf hin, dass die Initialzündung zu dieser Gründung für ihn im Jahr 2006 erfolgte, als im Mergentheimer Deutschordensmuseum die wissenschaftliche Stelle zur Erforschung der Ordensgeschichte gestrichen wurde. Für die Verankerung der Einrichtung an der Universität Würzburg sprechen viele Gründe. Bereits im Jahre 1219 schenkte der Würzburger Bischof Otto von Lobdeburg dem Deutschen Orden ein Anwesen, das die Keimzelle für eine spätere Kommende darstellte. Diese überdauerte die wechselvolle Geschichte des späten Mittelalters und der Neuzeit, bis im Jahre 1809 Napoleon den Deutschen Orden auflöste, so dass auch die Würzburger Kommende und ihr Besitz an das neu geschaffene Großherzogtum Würzburg fielen.
Die Forschungsstelle Deutscher Orden gehört zur Philosophischen Fakultät I der Universität Würzburg und wird geleitet vom Lehrstuhlinhaber für Fränkische Landesgeschichte Professor Helmut Flachenecker. Obwohl in der Gesellschaft ein großes Suchen nach Sinn und Orientierung besteht, haben es die Geisteswissenschaften heute schwer, wenn es darum geht, dass entsprechende Gelder bereitgestellt werden. Für die Entstehung der Forschungsstelle haben beispielsweise der Deutschherrenbund als Gemeinschaft der Familiaren in Deutschland Mittel bereitgestellt, sowie Dieter Salch über seine Stiftung „Pro Universitate“ und aus privaten Mittel. Für den Präsidenten der Universität Würzburg, Professor Alfred Forchel, ist die Errichtung der Forschungsstelle besonderer Grund zur Freude. Er sieht in der neuen Einrichtung ein Alleinstellungsmerkmal, wodurch sich die Universität in Zukunft auszeichnen werde.
